Kolejne stulecia to okres prosperity opactwa przerywany najazdami obcych wojsk, m.in. w czasie potopu szwedzkiego, czy napadu wojsk Rakoczego. Za każdym razem klasztor odbudowano, przy okazji powiększając go o nowe zabudowania. W 1819 r. władze carskie dokonały kasaty opactwa, a jego dobra przeszły na własność państwa. Dopiero w 1951 roku cystersi powrócili do Wąchocka.
Obecny wygląd klasztoru z reprezentacyjnym skrzydłem zachodnim w postaci zabudowy przypominającej pałac z wieżą pochodzi z XVII wieku. Przebudowa ta jakby zepchnęła na dalszy plan to, co w Wąchocku ma największą wartość architektoniczną, czyli pochodzącego z XIII wieku, romańskiego kościoła klasztornego pw. Wniebowzięcia Najświętszej Maryi Panny i św. Floriana.
