Historia Bazyliki Katedralnej związana jest integralnie z pobytem cystersów na tej ziemi, którzy przybyli pod wodzą opata Wernerusa jesienią 1276r. do wsi Pelplin nadanej im przez księcia Mszczuja II. Pierwsze lata pobytu przyniosły budowę pomieszczeń socjalno-gospodarczych. Także pod koniec XIII wieku powstało oratorium, którego wzorcowe gotyckie sklepienie wykonano przed rokiem 1310. Budowę głównego kościoła klasztornego cystersi rozpoczęli w XIV wieku, chociaż w dokumencie "Codex diplomaticus pelplinensis" wspomina się o początkach budowy zainicjowanych przez Mszczuja II już w końcu XIII.