Podczas epidemii dżumy w XVIII wieku cesarz Karol VI dał obietnicę, że zbuduje wielki kościół, gdy tylko epidemia zniknie z miasta. Kościół ten miał być poświęcony świętemu Karolowi Boromeuszowi, patronowi chorych i arcybiskupowi Mediolanu z czasów epidemii dżumy w 1576.
Cesarz rozpisał projekt na budowę kościoła. Projektantem i budowniczym świątyni został Johann Bernhard Fischer von Erlach. Budowę ukończono w 1737 roku. Niestety projektant nie doczekał końca budowy, jego prace kontynuował syn Josef Emanuel.
Powstało dzieło niezwykłe, nie mające odpowiednika nigdzie na świecie.