W drugiej połowie XIV wieku prace ukończono. Kościół początkowo był tylko zakonny, ale w XV wieku stał się także kościołem parafialnym. Na początku XVI wieku Pomorze Gdańskie ogarnął ruch reformatorski , który spowodował upadek dyscypliny zakonnej w klasztorze żarnowieckim. Duża część cysterek opuściła mury klasztorne , a te co pozostały na miejscu , przestały przestrzegać klauzurę . W związku z tym ich posiadłości wraz z kościołem i parafią zostały przekazane w 1589 roku benedyktynkom z Chełmna. Ich to dziełem pozostaje do dziś bogate barokowe wyposażenie wnętrza kościoła. W 1834 roku na skutek działania władz pruskich (konfiskata majątku, zakaz przyjmowania do nowicjatu) nastąpiła kasata klasztoru benedyktynek. Opiekę nad kościołem i budynkami klasztornymi przejęła parafia. Część budynków rozebrano , inne zaadaptowano do nowych potrzeb. Na fali zainteresowania gotykiem władze pruskie zaczęły wspierać pod koniec XIX wieku odnawianie tutejszych obiektów , był to ostatni moment , gdyż budynki klasztorne zaczęły popadać w ruinę. Dziś żarnowieckie założenie klasztorne cysterek jest jedynym na Pomorzu , które ocalało w zasadniczej części. W roku 1946 przylegający do kościoła budynek klasztorny na nowo zasiedliły przybyłe z Wilna benedyktynki. Po przeszło 100 letniej przerwie odrodziło się w Żarnowcu życie monastyczne. Dziś rytm życia modlitewnego mniszek toczy się w klasztornej kaplicy , zaś świątynia pozostaje kościołem parafialnym.