Okres pomyślnego rozwoju miasta przerwał "potop szwedzki". Pomimo tego, w następnym, XVIII stuleciu Drohiczyn zasłynął z dwóch znakomitych szkół - prowadzonej przez franciszkanów oraz z jezuickiego Collegium Nobillium. Niestety, upadek Rzeczypospolitej przyniósł także kres świetności Drohiczyna. W 1807 roku przebiegała tu granica pomiędzy Cesarstwem Rosyjskim, do którego włączono prawobrzeżną część miasta, a Księstwem Warszawskim, przy którym pozostała część lewobrzeżna. Po upadku Napoleona miasto weszło w skład Królestwa Polskiego, utworzonego w 1815 roku na mocy uchwał Kongresu Wiedeńskiego.
Dziś Drohiczyn pełni funkcje usługowo-handlowe dla okolicznych wsi, a ze względu na malownicze położenie jest też miejscowością letniskową. Tradycje drohiczyńskich szkół podtrzymują: Wyższe Seminarium Duchowne, szkoła podstawowa oraz liceum ogólnokształcące. Od 1991 Drohiczyn jest siedzibą diecezji drohiczyńskiej
W panoramie miasta wyróżnia się zabudowa dawnego kolegium jezuickiego.