Po kasacie opactwa w 1831 roku kościół klasztorny stał się kościołem parafialnym. W latach 1909-1910 przeprowadzono prace konserwatorskie oraz przebito wejście w ścianie północnej i zbudowano tam pseudobarokową kruchtę. W 1925 roku stał się katedrą - siedzibą Biskupa Gdańskiego. W 1976 roku katedra otrzymała tytuł Bazyliki Mniejszej, a w 1992 roku została podniesiona do rangi Archikatedry.