Motovun to stara miejscowość pamiętająca czasy Rzymian, którzy na wzgórzu założyli spory obóz wojskowy. Największy jej rozwój nastąpił po 1278 rok, gdy została zdobyta przez Wenecjan i była pod ich panowaniem aż do końca XVIII wieku. Następnie przeszła pod panowanie Austro-Węgier, a po ich rozpadzie przypadła Królestwu Włoch. Po II Wojnie Światowej miasteczko zostało przyłączone do Jugosławii.