W średniowieczu Jindřichův Hradec zaliczał się do ważniejszych ośrodków miejskich w Czechach.
Dzieje miasta sięgają mroków wczesnego średniowiecza. Już pod koniec XII w. w miejscu tym kwitł ważny ośrodek handlowy na pograniczu Czech i Moraw. Lata prosperity przypadły na XVI i XVII w., a bogactwo przyniosły głównie wyroby sukiennicze. Kres świetności Jindřichův Hradca położyły dwa wielkie pożary: w 1773 i 1801 r. O dawnej świetności przypomina tylko kilka budynków na starówce.
XIII-wieczny zamek zajmuje ponad 3 ha i jest trzecim co do wielkości w Czechach. Wzniesiono go na gruzach romańskiego poprzednika z 1220 r.