Opactwo powstało w średniowieczu, na miejscu wcześniejszej fortyfikacji.
Niewielką część tych budowli obronnych wkomponowano w zespół klasztorny. W XV w.
tutejsi zakonnicy zainicjowali reformy w obrębie
zakonu benedyktyńskiego,
głosząc powrót do pierwotnej doktryny św. Benedykta. Wrócili na ścieżki
ascetyzmu, cnoty i nauki, czego wyrazem było m.in. uznanie organizacji wspólnoty
w
Melku za wzorcową przez
papieża Urbana VIII.
W XVIII z inicjatywy opata Berhotda Dietmayera klasztor i kościół pw. św. Piotra
i św. Pawła poddano gruntownej przebudowie na styl
barokowy. W konsekwencji
powstał jeden z największych barokowych zespołów sakralnych w Europie, uznawany
za najpiękniejszy przykład baroku w Austrii.